V 16. století byly Čepřovice prodány Vilémovi z Rožmberka a později v roce 1595 byly prodány Vilémovým bratrem a dědicem, Petrem Vokem z Rožmberka, rytíři Arnoštovi Vitanovskému. V této době se však šlechtické sídlo na území Čepřovic nezmiňuje. Po smrti rytíře Arnošta Vitanovského byl jeho majetek rozdělen mezi jeho syny a Čepřovice dostal Mikuláš Vitanovský, který zde zbudoval šlechtické sídlo. Vitanovští drželi Čepřovice přes sto let. V roce 1683 je Magdalena Vitanovská z Harasova prodala prácheňskému hejtmanovi a přísedícímu zemského soudu, císařskému radovi Františku Jiřímu rytíři Doudlebskému z Doudleb. Ten však statek držel jen dva roky a poté přešel do vlastnictví hraběti z Ditrichštejna.
V Ditrichštejnském držení zůstávají Čepřovice 200 let a jsou součástí panství Vlachovo Březí.
V 18. století zámeček a přilehlá stavení dvakrát vyhořela a zámeček byl opraven již jen provizorně. Z toho vyplývá, že neměl v té době pro vrchnost již obytnou funkci.
V roce 1860 zdědila panství jedna z dcer knížete Josefa Terezie z Herbersteinu. V rámci pozemkové reformy z roku 1920 byl z čepřovického dvora vytvořen zbytkový statek. Noví majitelé udrželi velkostatek až do vyvlastnění po druhé světové válce.
Tvrz byla rozdělena na 2 čísla popisná a sloužila k bydlení. V roce 1976 koupil jižní schátralou polovinu hudební skladatel a pedagog Pavel Jurkovič jako prázdninové rodinné sídlo. Zahájil tak několik desetiletí postupných oprav. V roce 2018 koupila jeho dcera Barbora Jurkovičová i druhou, severní polovinu tvrze. Tím se tvrz zase majetkově sjednotila a čeká na další opravy a nový účel.